La historia nos lleva de nuevo a los acontecimientos que desembocaron en los sucesos iniciales de Jak II. Jak ha sido encerrado en la prisión de Villa Refugio, y Daxter, ahora solo en una situación con la que no está familiarizado, se da cuenta enseguida de que ser pequeño y peludo no mejorará sus posibilidades de supervivencia. ¡Ha llegado el momento de ser fuerte!
Nuestro héroe acepta un trabajo de exterminador para ayudar a erradicar una misteriosa plaga de insectos que le otorga la libertad de recorrer Villa Refugio en busca de información que pueda resultar útil para liberar a su encarcelado amigo. No obstante, Daxter pronto descubre que su nuevo empleo va a proporcionarle más emociones de las que esperaba en un principio.
Ser exterminador requiere trabajo duro, y a un roedor haragán no se le puede exigir el exterminio de toda una plaga sin permitirle echarse unas buenas siestas para recuperar energías, ¿o sí? Durante su tiempo de descanso de sus obligaciones exterminadoras, Daxter te invita a sus sueños, donde él es el héroe de varios minijuegos de tintes cinematográficos.
Daxter también ofrece compatibilidad con Jak X para PlayStation 2, lo que permitirá a quienes posean ambos títulos desbloquear nuevos contenidos. Con más de 17 niveles y 30 minutos de divertidísimos vídeos, este juego embarcará a los jugadores en una clásica aventura de plataformas.